Kostol dal postaviť v obci roku 1746 spišský kanonik Ján Repassy. Zasvätený bol sv. Jánovi Nepomuckému. Pôvodný barokový kostolík bol roku 1878 prestavaný v neoklasicistickom slohu, pričom patrón chrámu ostal nezmenený až do súčasnosti.
Nemešany boli fíliou Spišskej kapituly.
